肽链内切酶又称蛋白酶(proteinase),水解肽链内部肽 键，对参与形成肽键AA残基有一定的专一性。 胰蛋白酶、凝血酶作用于 Arg或 Lys羧基形成的肽键； 胰凝乳蛋白酶，枯草杆菌蛋白酶水解芳香族AA羧基 形成的肽键；胃蛋白酶优先水解芳香族AA氨基形成 的肽键；脯氨酰蛋白酶只能作用于Pro的羧基形成的 肽键。 肽链外切酶包括氨肽酶 (aminopeptidase) 和羧肽酶 (carboxypepidase),分别从氨基端和羧基端逐一地 将肽链水解成氨基酸。
羧肽酶A优先作用于中性AA为羧基端的肽键；羧肽酶B则水解以碱性AA为羧基端的肽键。
9.1.1.2 Ser蛋白酶, Cys蛋白酶, Asp蛋白酶和金属蛋白酶 蛋白酶按其活性部位的结构特征可以分为四类：
①Ser蛋白酶类(EC 3.4.2.1)活性部位含有Ser残基，受二丙基氟磷 酸(DIFP)的强烈抑制。胰蛋白酶、胰凝乳 蛋白酶、弹性蛋白酶、 枯草杆菌蛋白酶等均属此类。 ②Cys蛋白酶(EC 3.4.2.2)活性部位含有Cys残基，对于碘乙酸、对 -羟基汞苯甲酸等抑制剂十分敏感。植物蛋白酶和组织蛋白酶大 多属于此类。 ③Asp蛋白酶(EC 3.4.2.3)活性中心含有两个Asp残基，最适pH一 般为2~4。抑胃肽(pepstatin)专一地抑制这类酸性蛋白酶。胃 蛋白酶、凝乳酶均属此类。 ④金属蛋白酶(EC3.4.2.4)含有Zn2+、Mg2+等金属离子，受金属螯 合剂如EDTA等的抑制。嗜热菌蛋白酶、信号肽酶以及氨肽酶、 羧肽酶等属于这一类。