地域管辖：《实施细则》第12条、13条规定：“从事生产、经营的纳税人应当自领取营业执照之日起30日内，向生产、经营地或者纳税义务发生地的主管税务机关申报办理税务登记”“扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，向所在地主管税务机关申报办理扣缴税款登记”。
此外，地域管辖还包括《实施细则》第15条第二款、第21条。 《行政处罚法》规定：行政处罚由违法行为发生地的县级以上地方人民政府具有行政处罚权的行政机关管辖。税务行政处罚通常由征收征管关系的主管税务机关管辖。
职能管辖：《实施细则》第9条，稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处。稽查局在查处上述案件过程中发现的被检查人所有违法行为应当一并处罚，否则将出现一个案件两个执法主体的问题。
（二）税务行政案件查处中，税务机关的权力包括：
查账权、场地检查权、责成提供资料权、询问权、查证权、检查存款账户权、税收保全措施权、税收强制执行措施权、调查取证权、行政处罚权、国家法律法规赋予税务机关的其他权力。
二、税务行政案件的查处
《征管法》第12条，《实施细则》第8条规定了关于税务人员的回避：
税务人员与纳税人、扣缴义务人或者其法定代表人、直接责任人有下列关系之一的，应当申请回避；稽查局负责人发现稽查人员与纳税人、扣缴义务人或者其法定代表人、直接责任人有下列关系之一的，应当决定其回避：夫妻关系；直系血亲关系；三代以内旁系血亲关系；近姻亲关系；可能影响公正执法的其他利害关系。对当事人认为稽查人员应当回避的，稽查人员是否回避，由稽查局领导审定。稽查人员的回避，可以在税务稽查实施之前，也可以在税务稽查实施的过程之中。
（一）税务行政案件的实施
1.履行出示税务检查证和《税务检查通知书》，为纳税人保守商业秘密。